Caracterização de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro para o desenvolvimento de novos microssatélites.
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Descripción
O uso do amendoim forrageiro (Arachis pintoi) em pastagens consorciadas com gramíneas tem importância econômica e ambiental. Avanços no programa de melhoramento da espécie podem ser obtidos com a ampla informação gerada pelo sequenciamento de segunda geração. A tecnologia de RNA-Seq permite obter extensa cobertura dos genes existentes no genoma com custo consideravelmente baixo. Os dados gerados possibilitam identificar novos marcadores, validar genes e rotas metabólicas. Atualmente existem poucos microssatélites disponíveis para o amendoim forrageiro. Assim, o objetivo deste trabalho foi desenvolver novos marcadores microssatélites a partir de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro. O RNA de duas cultivares (Belomonte e Amarillo MG-100) foi extraído e utilizado para montagem das bibliotecas, as quais foram sequenciadas e tiveram seu genoma funcional montado com o software Trinity® e metodologia de novo. Um total de 336 milhões de reads foi obtido, dos quais 84.229 foram utilizados na identificação de microssatélites. Dos 4.461 marcadores encontrados, 186 foram selecionados para validação e 80 (43%) apresentaram perfil ideal de amplificação. Desses 80, 29 foram genotipados e apresentaram-se polimórficos. Foi possível acessar a diversidade genética em 20 genótipos. Esses dados indicam a informatividade dos novos marcadores, os quais poderão contribuir para acelerar o melhoramento do amendoim forrageiro.
Editores técnicos: Virgínia de Souza Álvares; Fabiano Marçal Estanislau.
Editores técnicos: Virgínia de Souza Álvares; Fabiano Marçal Estanislau.
Palabras clave
Forage peanut, RNA sequencing, RNA-Seq, Cacahuetes forrajeros, Amendoim forrageiro, Belmonte, Amarillo MG-100, Genoma funcional, Cultivo mixto, Pastos forrajeros, Leguminosas forrajeras, Repeticiones de microsatélite, Análisis de secuencia, Embrapa Acre, Rio Branco (AC), Acre, Amazônia Ocidental, Western Amazon, Amazonia Occidental, Pastagem Consorciada, Banco de Germoplasma, Marcador Genético, Gramínea Forrageira, Leguminosa Forrageira, Mixed cropping, Germplasm conservation, Sequence analysis, Microsatellite repeats, Arachis pintoi, Forage legumes, Forage grasses