Validação de retrotransposons ativos em café-efeitos de estresse abiótico e baixa cafeína na expressão gênica.
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RESUMO: A identificação de perfis de expressão gênica diferenciais e redes metabólicas é uma ferramenta valiosa para a caracterização genética de caracteres agronômicos. Neste estudo, utilizamos análises de expressão em larga-escala para identificar processos biológicos alterados em plantas com teores reduzidos de cafeína. A expressão diferencial de genes selecionados observada in silico foi então validada em experimentos in vivo. O primeiro passo foi o sequenciamento em larga-escala de RNA extraído de tecidos jovens e em desenvolvimento, de plantas sem cafeína e de plantas com concentrações normais do composto. As sequências obtidas foram agrupadas, a partir de análises in silico, para identificação de genes com expressão diferencial entre os tratamentos e de redes metabólicas associadas aos teores de cafeína. Para a validação das análises in silico, selecionamos 3 genes de famílias de retrotransposons para análises de qRT-PCR em gemas e folhas coletadas de plantas normais (MN) e sem cafeína (AC), tanto em condições normais quanto durante déficit hídrico. O perfil de expressão dos genes estabelecido por qRT-PCR foi distinto do observado nas análises de RNAseq. Além disso, os resultados sugerem que plantas AC possuem uma maior suscetibilidade ao estresse hídrico, uma vez que a expressão de retrotransposons é mais alta em folhas e gemas de plantas AC do que em MN.
Título em inglês: Validation of active retrotransposons in coffee-effects of abiotic stress and low caffeine content on gene expression.
Título em inglês: Validation of active retrotransposons in coffee-effects of abiotic stress and low caffeine content on gene expression.
Palabras clave
Seleção-assistida, Melhoramento molecular, Sequenciamento de RNA, Expressão gênica, Plantas sem cafeína, Assisted-selection, Sequenciamento de transcriptoma, RNAseq, Molecular breeding, Gene expression