Análise comparativa de transcriptomas de duas espécies de cercopídeos do gênero Mahanarva (Hemiptera: Cercopidae) com importância agrícola distinta.

GONÇALVES, G. F. F.; BEGNAMI, I. dos S.; MALAGO JUNIOR, W.; GUSMAO, M. R.; VIGNA, B. B. Z.

Análise comparativa de transcriptomas de duas espécies de cercopídeos do gênero Mahanarva (Hemiptera: Cercopidae) com importância agrícola distinta.

Autores

Descripción

Os cercopídeos são insetos sugadores caracterizados como praga significativa em poáceas, incluindo forrageiras e a cana-de-açúcar. Recentemente espécies pertencentes ao gênero Mahanarva (comumente associado com gramíneas de grande porte) têm constituído pragas importantes também em pastagens. Atualmente, poucas opções de controle são viáveis, sendo o RNA de interferência (RNAi) um método promissor devido à sua alta especificidade e eficiência, além de causar menor impacto ambiental. Considerando que diferentes espécies podem apresentar níveis distintos de adaptação e especificidade ao hospedeiro, nosso objetivo foi identificar diferenças nos perfis de expressão gênica dentro do gênero Mahanarva que possam estar relacionados à mecanismos de adaptação ou potencial diferencial para controle por RNAi. Para isso realizamos uma análise comparativa de transcriptomas de duas espécies (M. spectabilis e M. fimbriolata), uma comumente associada a forrageiras e outra especializada em cana-de-açúcar. A partir de indivíduos adultos, ninfas e ovos coletados em condições naturais foi realizada a extração de RNA total (kit Quick-RNA Tissue/Insect Microprep ou protocolo TRIzol), construção de bibliotecas de DNA complementar (kit TruSeq Stranded mRNA) e sequenciamento na plataforma Illumina NextSeq 550. Para averiguar a qualidade e integridade das extrações utilizamos Nanodrop e eletroforese em gel de agarose 1% corado com brometo de etídeo, onde as concentrações apresentaram valor médio de 565,20 ng/μL e para a grande maioria das amostras houve a formação de banda única e intensa. A qualidade dos dados obtidos no sequenciamento foi avaliada com FastQC, as sequências de baixa qualidade e os adaptadores foram cortadas com Trimmomatic e o RNA ribossomal residual foi filtrado com SortMeRNA. Os transcriptomas foram montados pela abordagem de novo utilizando o software Trinity, devido à ausência de genoma de referência para a espécie. Filtramos a redundância com o programa cd-hit e verificamos a qualidade com o BUSCO e o Bowtie2. As montagens de M. fimbriolata e M. spectabilis resultaram em 253.894 e 197.003 contigs, respectivamente. Para identificar genes ortólogos entre as espécies, realizamos alinhamentos cruzados com BLASTn, aplicando filtros de identidade ≥ 80%, comprimento ≥ 100 pb e e-value ≤ 1e-5. Dos contigs de M. fimbriolata, 145.541 (57,3%) apresentaram similaridade com transcritos de M. spectabilis, enquanto 108.353 (42,7%) foram considerados exclusivos. No sentido inverso, 133.734 contigs de M. spectabilis (67,9%) apresentaram hits em M. fimbriolata, e 63.268 (32,1%) foram exclusivos. Com base na abordagem de Reciprocal Best Hits (RBH), identificamos 99.050 pares de transcritos ortólogos putativos compartilhados entre as espécies.
Financiamento: CNPq | PIBIC/PIBIT (170909/2023-9)