Development and mapping of genic microsatellites (EST-SSRs) from camu-camu (Myrciaria dubia[H.B.K.] McVaugh)

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dc.creatorRojas G., Salvador
dc.creatorRodrigues, Doriani
dc.creatorLima, Marcicleide
dc.creatorAstolfi Fhilo, Spartaco
dc.date2019-08-09T19:29:52Z
dc.date2019-08-09T19:29:52Z
dc.date2008-07-06
dc.date2008
dc.date.accessioned2026-06-27T04:40:01Z
dc.descriptionDescrevemos o desenvolvimento marcadores de nucleotídeos repetidos em tandem de seqüências expressas (EST-SSRs) o microssatélites gênicos de camu-camu, a qual é uma pequena fruta nativa da Amazônia que cotem o mais alto conteúdo de vitamina C natural de qualquer fruteira conhecida no mundo. Dois mil seqüências da biblioteca de ESTs de camu-camu foram analisadas e 219 EST-SSRs para o desenvolvimento de marcadores moleculares foram identificadas e analisadas. Dos 219 EST-SSRs 74,2% foram perfeitos simples e 22,7% perfeitos interrompidos. Os EST-SSRs foram 13% trinucleotídeos e 87% dinucleotídeos; os dinucleotídeos mais freqüentes foram GA, CT, AG e TC motivos comuns em outras dicotiledôneas. Os marcadores obtidos foram usados para identificar seu poder de amplificação para detectar polimorfismos e testar a transferibilidade com quatro espécies da família Mirtaceae; além disso, foram comparados com seqüências de proteínas de outras espécies depositadas nas bases de dados do National Center for Biotechnology Information NCBI. Dos EST-SSRs, 20,8% tiveram boas características para o desenho de “primers”, deste grupo 15 “primers” foram sintetizados, oito apresentaram polimorfismo para o camu-camu detectando em 139 acessos de camu-camu entre 7 e 21 alelos/loci, alem disso, seis de estes EST-SSRs amplificaram em quatro espécies mirtáceas. As seqüências dos oito EST-SSRs tiveram alguma relação com proteínas conhecidas, cinco apresentaram valores entre <1E-51 e <1E-109. Esta metodologia de obtenção de EST-SSRs de camu-camu a partir de informações de bases de dados públicas ou bibliotecas disponíveis, pode ser aplicada a baixo custo em outras espécies para estudos de diversidade, transferibilidade e nos estudos de similaridade com proteínas conhecidas.   
dc.formatapplication/pdf
dc.formatapplication/pdf
dc.identifier2500-5308 (e-issn)
dc.identifier0122-8706
dc.identifierhttp://hdl.handle.net/20.500.12324/35076
dc.identifier10.21930/rcta.vol9_num1_art:100
dc.identifierreponame:Biblioteca Digital Agropecuaria de Colombia
dc.identifierrepourl:https://repository.agrosavia.co
dc.identifierinstname:Corporación colombiana de investigación agropecuaria AGROSAVIA
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/123456789/34768
dc.languagespa
dc.publisher‎‎Corporación colombiana de investigación agropecuaria - AGROSAVIA
dc.rightsAttribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.sourceRevista Ciencia y Tecnología Agropecuaria; Vol 9 Núm.1 (2008); 14-21
dc.subjectFrutales
dc.thumbnailhttps://repository.agrosavia.co/bitstreams/f649b2b3-2866-4cc4-a25f-9092b9de8fb8/download
dc.titleDevelopment and mapping of genic microsatellites (EST-SSRs) from camu-camu (Myrciaria dubia[H.B.K.] McVaugh)
dc.titleDesenvolvimento e mapeamento de microssatélites gênicos (EST-SSRs) de camu-camu (Myrciaria dubia [H.B.K.] McVaugh)
dc.typeArtículo científico

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